A Piece of Chemtool

 Chemtool merupakan sebuah program yang digunakan untuk menggambar molekul organik dengan mudah dan menyimpan gambar-gambarnya sebagai bitmap X, Xfig, atau file EPS. Kebanyakan pengoperasian di chemtool dapat menggunakan mouse.

Pada program chemtool menawarkan beberapa menu dasar seperti undo/redo, dua font teks ditambah simbol, tujuh warna, menggambar pada beberapa tingkat zoom, latar belakang gird persegi dan heksagonal untuk mempermudahkan penggunaan align.

Berikut cara membuat struktur aspirin melalui chemtool. Sebelumnya buka dulu aplikasi Chemtool yang sudah di install hingga muncul tampilan seperti dibawah ini.

Kemudian pilih template di menu Tools hingga muncul tampilan seperti dibawah ini.

Setelah itu pilih cincin benzena dan lengkapi hingga membentuk struktur aspirin dengan menambahkan teks dan ikatan yang sesuai.

Semoga bermanfaat.. =D

untuk download software chemtool bisa langsung kunjungi
https://en.opensuse.org/Chemtool 

Review Open Source Free Software

• BKchem

BKChem merupakan free software open source yang digunakan untuk menggambar senyawa kimia. BKChem dikembangkan di GNU / Linux. Namun itu berhasil digunakan di bawah WinXP dan MacOS X. Bagi yang mau mencoba menggunakan program ini silahkan saja langsung ke alamat: http://bkchem.zirael.org/download_en.html

Untuk menggunakan program ini sangatlah mudah, silahkan ikuti petunjuk dasar dibawah ini.

Review Open Source Free Sotfware

• Jmol

 Jmol merupakan sebuah software free open source yang digunakan sebagai viewer struktur molekul. Program ini dapat dipakai oleh pelajar, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia ataupun biokimia. Program ini juga tersedia dalam berbagai platform, Windows, Mac OS X, dan Linux/Unix. Apa yang dapat dilakukan oleh software tersebut bagaimana menggunakannya dapat dipelajari pada situs resminya di http://jmol.sourceforge.net/

Prewiew dan ilustrasi program Jmol yang dijalankan pada windows adalah sebagai berikut:

Gambar 1. Tampilan Jmol ketika menampilkan senyawa alpha-caryophyllene

 Gambar senyawa tersebut ditampilkan secara 3 dimensi. Tampilan gambar 3 dimensinya dapat diatur dalam berbagai posisi, seperti ilustrasi berikut:

• MolWork

 Program open source yang lain selain Jmol yang juga dapat dioperasikan pada sistem Operasi Windows adalah MolWork. Program ini sangat berguna untuk melakukan estimasi sifat-sifat suatu molekul kimia dan juga dapat digunakan untuk visualisasi dan menggambar molekul kimia. Molwork dibuat oleh Best System, Inc. dapat dioperasikan pada sistem linux dan windows, namun sampai saat ini hanya tersedia untuk windows XP/Vista/7. Program ini dibangun menggunakan bahasa Java. untuk memperoleh software ini bisa langsung kunjungi alamat berikut:  http://www.molworks.com/programs_en.html

Berikut ilustrasi program MolWork saat sedang digunakan untuk estimasi sifat molekul caffeine.

• GDIS

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

        Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
        - Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
        - Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
        - Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
       -  Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
       -  Pola difraksi generasi dan merencanakan.
       -  Animasi multi-frame file.
        - Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut:

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan maka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

Untuk mendapatkan programnya bisa langsung saja kunjungi:  http://gdis.sourceforge.net/download.html

• Avogadro

 Avogadro juga merupakan software editor molekul open source yang biasa digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, dan juga bioinformatika. Program Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X yang bisa di download langsung di: http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro

Bagaimana menggambar molekul sederhana menggunakan avogadro? Ikuti saja langkah-langkah berikut.

Menggambar Molekul

Ketika Anda membuka Avogadro tanpa memuat default file menggunakan Draw Tool. Tool ini adalah tool utama yang akan digunakan saat menggambar molekul baru. Screenshot di bawah ini menunjukkan Avogadro 0.8.1 (tanpa terminal Python) pada KDE 4.1. Alat dock terletak di atas tangan kiri dari interface dilambangkan dengan ikon pensil.

Kamu dapat memilih elemen yang ingin digunakan dengan mengklik menu drop-down yang mengatakan 'Carbon (6)' pada screen shot. Elemen umum dalam drop down, jika elemen yang ingin digunakan tidak dalam daftar kemudian memilih 'Lainnya ...' akan memunculkan tabel periodik penuh.

Klik kiri sekali pada elemen akan memunculkan rincian lebih lanjut dari unsur dalam kotak besar di tengah atas. Mengklik ganda sebuah elemen akan memilih elemen dan menutup tabel periodik. Anda juga dapat menyimpan tabel periodik terbuka dan klik pada elemen yang ingin Anda gunakan, klik pada tampilan OpenGL sentral akan menggunakan elemen yang sedang dipilih.

Setelah memilih elemen Anda dapat klik kiri pada hitam (saat ini kosong) tampilan. Ini akan menempatkan satu atom dari elemen yang Anda pilih di bawah kursor mouse. Jika opsi 'Sesuaikan hidrogen' diperiksa maka sesuai dengan jumlah hidrogen akan ditambahkan ke molekul untuk valensi normal. Menghapus cek dari kotak akan menghentikan hal ini sedang dilakukan.

Jika Anda menemukan kesalahan atau ingin menghapus atom tertentu maka mengklik kanan pada atom (atau obligasi) akan menghapusnya. Perhatikan bahwa jika 'Sesuaikan hidrogen' dicentang maka Anda tidak dapat menghapus hidrogen ditambahkan sebagai menyesuaikan hidrogen fungsi menyesuaikan jumlah hidrogen secara otomatis sehingga menambah hidrogen kembali dihapus.

Untuk benar-benar membangun sebuah molekul lengkap Anda mungkin akan ingin menggambar sesuatu yang lebih kompleks. Kiri mengklik pada atom yang ada, menjaga tombol mouse ditekan dan menyeret ke lokasi lain akan menciptakan ikatan antara atom yang ada dan yang baru. Orde ikatan dapat dipilih dalam 'Obligasi Orde' drop down. Atau klik pada obligasi akan menyesuaikan pesanan mereka (single, double, triple, tunggal).

Jika Anda perlu mengubah atom yang ada sehingga elemen lain cukup pilih elemen yang diinginkan dan klik pada atom yang ada. Dengan menyesuaikan hidrogen yang dapat digunakan untuk 'tumbuh' molekul dengan mengubah hidrogen. Hal ini mungkin untuk membangun banyak struktur menggunakan alat ini. Avogadro juga memiliki 'Fragment Library' yang memungkinkan Anda untuk menelusuri daftar fragmen molekul, memilih salah satu dan masukkan ke dalam molekul saat ini.

Avogadro memiliki tiga medan gaya yang tersedia yang dapat digunakan untuk mengoptimalkan struktur molekul ditarik. Standarnya menggunakan satu disebut MMFF94 yang dapat menangani struktur organik yang paling umum. Jika Anda telah menggunakan logam transisi Anda mungkin ingin menggunakan UFF yang dapat menangani setiap elemen. Cukup mengklik 'Extensions-> Optimize Geometry ' biasanya cukup untuk memberikan struktur yang cukup baik dioptimalkan. Pengaturan medan kekuatan dapat diubah dengan pergi ke 'Extensions->Molecular Mechanics->Setup Force Field...'

Anda tidak selalu bisa melakukannya dengan benar pertama kali sekitar, atau mungkin optimasi geometri belum memberikan Anda geometri Anda tertarik Avoogadro memiliki dua alat untuk membantu dengan memanipulasi molekul yang telah ditarik. Ini adalah Obligasi Centric Memanipulasi Alat dan Memanipulasi Tool. Mereka berdua memungkinkan Anda untuk memanipulasi molekul yang ada.

Banyak alat dapat bekerja di kedua atom diklik atau pilihan atom. Select Tool yang memungkinkan Anda untuk membuat pilihan dan kemudian bekerja pada pilihan ini menggunakan alat yang berbeda. Misalnya sekelompok lima atom dapat dipilih menggunakan Select Tool dan kemudian atom-atom dapat dipindahkan dengan memilih Memanipulasi Tool dan meninggalkan mengklik seleksi sambil menggerakkan mouse sampai konfigurasi yang diinginkan diperoleh.

Avogadro mendukung undo / redo. Semua menggambar operasi dapat dibatalkan dan diulang dengan menggunakan item menu yang sesuai dalam menu edit. Jika Anda pernah membuat kesalahan cukup pilih 'Edit-> Undo' (atau Ctrl + Z). Setelah Anda puas dengan molekul yang telah diambil Anda dapat menyimpannya dengan menggunakan 'File-> Save As ...' item menu. Sebuah array besar format file yang ditawarkan. Jika tidak ada perpanjangan diberikan Avogadro akan langsung menggunakan CML yang merupakan standar yang baik jika Anda tidak yakin format apa yang dipakai.

Fun With Polymers II

Fun With Polymers I

Making Soap

Making Esters

SENYAWA ALKIL ALKANOAT

SENYAWA ALKIL ALKANOAT

-  STRUKTUR

Rumus umum ester adalah R-COOR dengan R merupakan alkil.

 

-  TATA NAMA

Ester mempunyai nama IUPAC alkil alkanoat. Tata nama ester hampir sama dengan tata nama asam karboksilat, tetapi nama asam diganti dengan nama alkil dari R′ karena atom H dari gugus –OH diganti dengan gugus alkil.

-  SIFAT

Beberapa sifat fisis ester adalah:

1) Ester mudah menguap dibandingkan dengan asam atau alkohol pembentuknya.

2) Ester berbau harum dan banyak terdapat pada buah-buahan.

3) Ester sedikit larut dalam air.

3) Titik didih dan titik beku ester lebih rendah daripada asam karboksilat.

Beberapa sifat kimia ester adalah:

1) Ester bersifat netral dan tidak bereaksi dengan logam natrium maupun PCl3.

2) Ester dapat mengalami hidrolisis menjadi asam karboksilat dan alkohol.

3) Hidrolisis ester suku tinggi dengan NaOH atau KOH menghasilkan sabun dan gliserol (reaksi penyabunan).

4) Ester dapat mengalami reduksi menjadi alkohol.

5) Reduksi terhadap ester tak jenuh suku tinggi (minyak atau lemak cair) yang menghasilkan mentega.

-  KEGUNAAN

Dalam kehidupan sehari-hari ester banyak digunakan, seperti:

1) Ester memiliki bau yang harum (khas), sehingga banyak dipakai sebagai essens buah-buahan.

2) Ester digunakan untuk bahan pembuatan sabun.

3) Ester digunakan untuk pembuatan mentega.

4) Beberapa senyawa ester digunakan sebagai bahan untuk pembuatan benang.

Senyawa Ester	Aroma Karakteristik
Etil formiat	Rum
n-pentil asetat	Pisang
Isopentil asetat	Buah pir
n-oktil asetat	Jeruk manis
Metil butirat	Apel
Etil butirat	Nanas
n-propil butirat	Apricot

(Sumber: Budi, dkk, 2009:136)

SENYAWA BENZENA

SENYAWA BENZENA

-  STRUKTUR

-  TATA NAMA SENYAWA TURUNAN BENZENA

       

Jika terdapat dua jenis substituen, maka posisi substituen dapat dinyatakan dengan awalan o–(orto), m–(meta), atau p–(para). Perhatikan beberapa contoh berikut!

Jika terdapat tiga substituen atau lebih pada sebuah cincin benzena, sistem o–, m–, p– tidak dapat lagi diterapkan. Dalam hal ini harus digunakan angka. Seperti dalam penomoran senyawa apa saja, cincin benzena dinomori sedemikian sehingga nomor-nomor awalan itu serendah mungkin dan nomor 1 diberikan pada gugus yang berprioritas tata nama tertinggi. Urutan prioritas penomoran untuk berbagai substituen sebagai berikut.

Prioritas Menurun -->

                -COOH, -SO₃H, -CHO, -CN, -OH, -NH₂, -R, -NO₂, -X

 

-  SIFAT

1)      Benzena berupa zat cair kental seperti minyak dengan titik lebur 5,5°C.

2)      Benzena kurang reaktif dibanding alkena karena ikatan rangkap pada benzena mengalami resonansi.

3)      Dapat mengalami reaksi substitusi (penggantian)

Substitusi Pertama

a. Halogenasi

Benzena dapat bereaksi langsung dengan halogen dengan katalisator FeCl3 atau FeBr3.

b. Alkilasi

Benzena dapat bereaksi dengan alkil halida membentuk alkil benzena dengan katalisator AlCl3.

c. Nitrasi

Benzena bereaksi dengan asam nitrat pekat dengan katalisator asam sulfat pekat menghasilkan nitro benzena.

d. Sulfonasi

Benzena yang dipanaskan dapat bereaksi dengan asam sulfat pekat menghasilkan asam benzena sulfonat.

-  PENGGUNAAN BENZEN DAN TURUNANNYA

Benzena terutama digunakan sebagai bahan dasar pembuatan senyawa-senyawa turunannya, misalnya stirena, kumena, dan sikloheksana pada induksi petrokimia. Selain itu benzena digunakan sebagai bahan dasar untuk membuat detergen, misalnya ABS (Alkil Benzena sulfonat), untuk bahan bakar dan pelarut dalam jumlah yang sedikit.

1. Alkil Benzena

Diperoleh menurut sintesis Friedel Crafts

Toluena digunakan untuk bahan peledak.

2. Halogen Benzena

Digunakan dalam industri cat, pembuatan zat-zat lain dan pembuatan insektisida (DDT).

3. Nitro Benzena

Diperoleh dengan nitrasi benzena.

Nitro benzena digunakan untuk pembuatan anilin dan bahan peledak (TNT = 2,4, 6– trinitro toluena).

4. Asam Benzena Sulfonat

Diperoleh dengan mereaksikan benzena dengan asam sulfat (sulfonasi).

Asam benzena sulfonat digunakan untuk membuat zat-zat karena mudah larut dalam air, dan pembuatan obat-obat sulfa. Turunan asam benzena sulfonat yang terkenal adalah sakarin.

5. Anilin

Diperoleh dengan mereduksi nitro benzena atau dari halogen benzena.

6. Fenol

Dibuat dengan memanaskan asam benzena sulfonat dalam alkali atau

memanaskan halogen benzena dalam alkali.

Fenol digunakan untuk desinfektan (larutan fenol dalam air disebut karbol), untuk pembuatan obat-obatan, bahan peledak, dan plastik.

7. Asam Benzoat

Dibuat dengan cara mengoksidasi toulena.

a. Asam benzoat digunakan untuk pengawet bahan makanan.

b. Asam o–hidroksi benzoat (asam salisilat) digunakan untuk pengawet bahan makanan.

c. Asam asetil salisilat (aspirin) digunakan sebagai obat sakit kepala.

8. Stirena

Diperoleh dengan dehidrogenasi etil benzena dengan katalis seng.

9. Benzaldehid

Diperoleh dari oksidasi toluena.

Benzaldehid digunakan untuk parfum dan zat warna.

-  DAMPAK

Telah disebutkan bahwa benzena memiliki sifat racun atau kasinogenik, yaitu zat yang dapat membentuk kanker dalam tubuh manusia jika kadarnya dalam tubuh manusia berlebih. Beberapa penelitian menunjukan bahwa benzena merupakan salah satu penyebab leukemia, penyakit kanker darah yang telah banyak menyebabkan kematian.

Dampak kesehatan akibat paparan Benzena berupa depresi pada sistim saraf pusat hingga kematian. Paparan Benzena antara 50–150 ppm dapat menyebabkan sakit kepala, kelesuan, dan perasaan mengantuk. Konsentrasi Benzena yang lebih tinggi dapat menyebabkan efek yang lebih parah, termasuk vertigo dan kehilangan kesadaran. Paparan sebesar 20.000 ppm selama 5 – 10 menit bersifat fatal dan paparan sebesar 7.500 ppm dapat menyebabkan keracunan jika terhirup selama 0,5 – 1 jam. Dampak yang ringan dapat berupa euforia, sakit kepala, muntah, gaya berjalan terhuyung-huyung, dan pingsan