Review Open Source Free Sotfware

• Jmol

 Jmol merupakan sebuah software free open source yang digunakan sebagai viewer struktur molekul. Program ini dapat dipakai oleh pelajar, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia ataupun biokimia. Program ini juga tersedia dalam berbagai platform, Windows, Mac OS X, dan Linux/Unix. Apa yang dapat dilakukan oleh software tersebut bagaimana menggunakannya dapat dipelajari pada situs resminya di http://jmol.sourceforge.net/

Prewiew dan ilustrasi program Jmol yang dijalankan pada windows adalah sebagai berikut:

Gambar 1. Tampilan Jmol ketika menampilkan senyawa alpha-caryophyllene

 Gambar senyawa tersebut ditampilkan secara 3 dimensi. Tampilan gambar 3 dimensinya dapat diatur dalam berbagai posisi, seperti ilustrasi berikut:

• MolWork

 Program open source yang lain selain Jmol yang juga dapat dioperasikan pada sistem Operasi Windows adalah MolWork. Program ini sangat berguna untuk melakukan estimasi sifat-sifat suatu molekul kimia dan juga dapat digunakan untuk visualisasi dan menggambar molekul kimia. Molwork dibuat oleh Best System, Inc. dapat dioperasikan pada sistem linux dan windows, namun sampai saat ini hanya tersedia untuk windows XP/Vista/7. Program ini dibangun menggunakan bahasa Java. untuk memperoleh software ini bisa langsung kunjungi alamat berikut:  http://www.molworks.com/programs_en.html

Berikut ilustrasi program MolWork saat sedang digunakan untuk estimasi sifat molekul caffeine.

• GDIS

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

        Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
        - Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
        - Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
        - Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
       -  Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
       -  Pola difraksi generasi dan merencanakan.
       -  Animasi multi-frame file.
        - Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut:

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan maka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

Untuk mendapatkan programnya bisa langsung saja kunjungi:  http://gdis.sourceforge.net/download.html

• Avogadro

 Avogadro juga merupakan software editor molekul open source yang biasa digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, dan juga bioinformatika. Program Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X yang bisa di download langsung di: http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro

Bagaimana menggambar molekul sederhana menggunakan avogadro? Ikuti saja langkah-langkah berikut.

Menggambar Molekul

Ketika Anda membuka Avogadro tanpa memuat default file menggunakan Draw Tool. Tool ini adalah tool utama yang akan digunakan saat menggambar molekul baru. Screenshot di bawah ini menunjukkan Avogadro 0.8.1 (tanpa terminal Python) pada KDE 4.1. Alat dock terletak di atas tangan kiri dari interface dilambangkan dengan ikon pensil.

Kamu dapat memilih elemen yang ingin digunakan dengan mengklik menu drop-down yang mengatakan 'Carbon (6)' pada screen shot. Elemen umum dalam drop down, jika elemen yang ingin digunakan tidak dalam daftar kemudian memilih 'Lainnya ...' akan memunculkan tabel periodik penuh.

Klik kiri sekali pada elemen akan memunculkan rincian lebih lanjut dari unsur dalam kotak besar di tengah atas. Mengklik ganda sebuah elemen akan memilih elemen dan menutup tabel periodik. Anda juga dapat menyimpan tabel periodik terbuka dan klik pada elemen yang ingin Anda gunakan, klik pada tampilan OpenGL sentral akan menggunakan elemen yang sedang dipilih.

Setelah memilih elemen Anda dapat klik kiri pada hitam (saat ini kosong) tampilan. Ini akan menempatkan satu atom dari elemen yang Anda pilih di bawah kursor mouse. Jika opsi 'Sesuaikan hidrogen' diperiksa maka sesuai dengan jumlah hidrogen akan ditambahkan ke molekul untuk valensi normal. Menghapus cek dari kotak akan menghentikan hal ini sedang dilakukan.

Jika Anda menemukan kesalahan atau ingin menghapus atom tertentu maka mengklik kanan pada atom (atau obligasi) akan menghapusnya. Perhatikan bahwa jika 'Sesuaikan hidrogen' dicentang maka Anda tidak dapat menghapus hidrogen ditambahkan sebagai menyesuaikan hidrogen fungsi menyesuaikan jumlah hidrogen secara otomatis sehingga menambah hidrogen kembali dihapus.

Untuk benar-benar membangun sebuah molekul lengkap Anda mungkin akan ingin menggambar sesuatu yang lebih kompleks. Kiri mengklik pada atom yang ada, menjaga tombol mouse ditekan dan menyeret ke lokasi lain akan menciptakan ikatan antara atom yang ada dan yang baru. Orde ikatan dapat dipilih dalam 'Obligasi Orde' drop down. Atau klik pada obligasi akan menyesuaikan pesanan mereka (single, double, triple, tunggal).

Jika Anda perlu mengubah atom yang ada sehingga elemen lain cukup pilih elemen yang diinginkan dan klik pada atom yang ada. Dengan menyesuaikan hidrogen yang dapat digunakan untuk 'tumbuh' molekul dengan mengubah hidrogen. Hal ini mungkin untuk membangun banyak struktur menggunakan alat ini. Avogadro juga memiliki 'Fragment Library' yang memungkinkan Anda untuk menelusuri daftar fragmen molekul, memilih salah satu dan masukkan ke dalam molekul saat ini.

Avogadro memiliki tiga medan gaya yang tersedia yang dapat digunakan untuk mengoptimalkan struktur molekul ditarik. Standarnya menggunakan satu disebut MMFF94 yang dapat menangani struktur organik yang paling umum. Jika Anda telah menggunakan logam transisi Anda mungkin ingin menggunakan UFF yang dapat menangani setiap elemen. Cukup mengklik 'Extensions-> Optimize Geometry ' biasanya cukup untuk memberikan struktur yang cukup baik dioptimalkan. Pengaturan medan kekuatan dapat diubah dengan pergi ke 'Extensions->Molecular Mechanics->Setup Force Field...'

Anda tidak selalu bisa melakukannya dengan benar pertama kali sekitar, atau mungkin optimasi geometri belum memberikan Anda geometri Anda tertarik Avoogadro memiliki dua alat untuk membantu dengan memanipulasi molekul yang telah ditarik. Ini adalah Obligasi Centric Memanipulasi Alat dan Memanipulasi Tool. Mereka berdua memungkinkan Anda untuk memanipulasi molekul yang ada.

Banyak alat dapat bekerja di kedua atom diklik atau pilihan atom. Select Tool yang memungkinkan Anda untuk membuat pilihan dan kemudian bekerja pada pilihan ini menggunakan alat yang berbeda. Misalnya sekelompok lima atom dapat dipilih menggunakan Select Tool dan kemudian atom-atom dapat dipindahkan dengan memilih Memanipulasi Tool dan meninggalkan mengklik seleksi sambil menggerakkan mouse sampai konfigurasi yang diinginkan diperoleh.

Avogadro mendukung undo / redo. Semua menggambar operasi dapat dibatalkan dan diulang dengan menggunakan item menu yang sesuai dalam menu edit. Jika Anda pernah membuat kesalahan cukup pilih 'Edit-> Undo' (atau Ctrl + Z). Setelah Anda puas dengan molekul yang telah diambil Anda dapat menyimpannya dengan menggunakan 'File-> Save As ...' item menu. Sebuah array besar format file yang ditawarkan. Jika tidak ada perpanjangan diberikan Avogadro akan langsung menggunakan CML yang merupakan standar yang baik jika Anda tidak yakin format apa yang dipakai.